O ano é 2065 dC. A terra está infestada por espíritos alienígenas e a humanidade à beira da extinção total. Liderados por um estranho sonho e guiados por seu mentor Dr. Sid, a cientista Aki Ross luta para coletar os oito espíritos e criar uma força poderosa o bastante para destruir a presença alienígena e pura o bastante para proteger o planeta. Com a ajuda do Esquadrão do Olhos Profundos, Aki deve salvar a Terra de seu tenebroso ódio e lebertar a Fantasia Final.