A Segunda Guerra Mundial está em suas últimas e desesperadas batalhas. As cidades alemãs estão arrasadas e a lembrança de milhões de mortos não será esquecida tão cedo. A tênue linha entre sanidade e barbárie não existe mais. Na falta de soldados, milhares de jovens - quase crianças - são recrutados pelo Terceiro Reich para tentar virar o jogo a favor dos nazistas. Karl, um adolescente de 17 anos, enfrenta um terrível dilema: seu pai está lutando pela glória de Hitler e seu irmão, Peter, é mais um apaixonado membro da Juventude Nazista. Determinado a confrontar a propaganda do Reich, Karl se une aos Piratas de Edelweiss, um grupo de jovens contrários ao regime. Quando os Piratas ajudam a proteger um prisioneiro de guerra, Karl e seu grupo passam a ser perseguidos pela Gestapo e pela Juventude Nazista, fazendo com que ele tenha que tomar uma difícil decisão: trair ou não a sua própria família. Baseado em uma história real, Edelweiss Pirates reconta a partir dos olhos de dois irmãos o terror imposto pelos alemães contra seu próprio povo, e a força sobre-humana daqueles que lutaram contra os nazistas.